Τα ευρήματα που φιλοξενούσε μέχρι πρόσφατα το Μουσείο καλύπτουν μία περίοδο από την Εποχή του Χαλκού ως τη Ρωμαϊκή Περίοδο, και στο σύνολό τους προέρχονται από την ευρύτερη περιοχή της Μεσσηνίας. Ανάμεσά τους αγάλματα ή θραύσματά τους, ευρήματα από ταφικές ανασκαφές, κιονόκρανα, τμήματα ψηφιδωτών δαπέδων από ρωμαϊκές οικίες, κεραμεικά και χάλκινα σκεύη, κρατήρες, αγγεία, καθώς επίσης κοσμήματα και σφραγιδόλιθοι.

Από το 2008 σταμάτησε η λειτουργία του Αρχαιολογικού Μουσείου Καλαμάτας, και στο κτίριο αυτό πλέον στεγάζονται οι διοικητικές υπηρεσίες του Αρχαιολογικού Μουσείου Μεσσηνίας, όπου μεταφέρθηκαν και φιλοξενούνται τα εκθέματα.

Το Αρχαιολογικό Μουσείο Καλαμάτας, ευρύτερα γνωστό και ως Μπενάκειο, από τον δωρητή του τριώροφου κτιρίου στο οποίο στεγαζόταν μέχρι πρόσφατα, λειτούργησε για πρώτη φορά το 1971, για να στεγάσει μία πληθώρα ευρημάτων που προέρχονται στο σύνολό τους από την ευρύτερη περιοχή της Μεσσηνίας και χρονολογούνται από την Εποχή του Χαλκού ως τη Ρωμαϊκή Περίοδο. Το κτίριο του Μουσείου, δωρεά του Αντώνιου Μπενάκη στην Αρχαιολογική Υπηρεσία, υπέστη σοβαρές ζημιές από το σεισμό της Καλαμάτας του 1986, και έτσι ξεκίνησε μια μακρά σειρά επισκευών και συντηρήσεων που διήρκεσαν μέχρι το 1995.

Το Μουσείο εκτεινόταν σε δύο ορόφους. Στο ισόγειο υπήρχαν τέσσερις αίθουσες: στην πρώτη ο επισκέπτης μπορούσε, μεταξύ άλλων, να δει ένα μαρμάρινο ακέφαλο άγαλμα του τύπου της Ήρας Borghese, από την Κυπαρισσία, μια μαρμάρινη ερμαϊκή στήλη των πρώτων μεταχριστιανικών αιώνων από την αρχαία Μεσσήνη, μαρμάρινο γυναικείο κορμό με το κέρας της Αμάλθειας από την αρχαία Κορώνη, καθώς και διάφορα άλλα θραύσματα. Στη δεύτερη αίθουσα ο επισκέπτης μπορούσε να δει διάφορα εκθέματα που σχετίζονταν με τα ταφικά έθιμα, ενώ η τρίτη αίθουσα περιλάμβανε μία διακοσμημένη βάση αγάλματος από την Κορώνη, μία στήλη με δύο χαραγμένα ψηφίσματα από την αρχαία Θουρία, καθώς και διάφορα κιονόκρανα και μαρμάρινες βάσεις. Στην τελευταία αίθουσα εκτίθενταν τμήματα από ψηφιδωτά δάπεδα ρωμαϊκών οικιών.

Ο δεύτερο όροφος, που εγκαινιάστηκε το 1998 και ήταν αφιερωμένος στα προϊστορικά και πρώτα ιστορικά χρόνια της περιοχής της Μεσσηνίας, περιλάμβανε κι αυτός τέσσερις αίθουσες: η πρώτη περιλάμβανε τα ευρήματα από τον οικισμό και το μυκηναϊκό θολωτό τάφο που ανασκάφηκε στα Νιχώρια, περιοχή δυτικά της Καλαμάτας, που φαίνεται ότι κατοικήθηκε από τη Μεσοελλαδική Εποχή έως τους βυζαντινούς χρόνους. Στη δεύτερη αίθουσα ο επισκέπτης μπορούσε να δει επίσης ευρήματα από τα Νιχώρια, όπως αγγεία, λίθινα εργαλεία, ειδώλια, σύνεργα υφαντουργίας κ.ά., καθώς επίσης και ευρήματα από τάφους που ανεσκάφησαν στα Καρποφόρα, το Ριζόμυλο το Δάρα και το Βαθύρεμα. Η τρίτη αίθουσα περιλάμβανε εκθέματα από την προϊστορική ακρόπολη της Μάλθης, κοντά στο Βασιλικό της βόρειας Μεσσηνίας, ενώ η τέταρτη αίθουσα προοριζόταν για νεώτερα ευρήματα από διάφορες περιοχές της Μεσσηνίας, όπως τα Ακοβίτικα, οι Ράχες, τα Διόδια, τα Ελληνικά κ.α.

Είναι λοιπόν εμφανές ότι επρόκειτο για ένα πλούσιο Μουσείο ιδιαίτερου ενδιαφέροντος. Από το 2008, όμως, η λειτουργία του σταμάτησε, προκειμένου να μεταφερθούν τα εκθέματά του στο Αρχαιολογικό Μουσείο Μεσσηνίας, που βρίσκεται στην πλατεία Αποστόλων. Εκεί, ο επισκέπτης θα έχει την ευκαιρία να δει τις συλλογές μέσα σε ένα ευρύτερο πλαίσιο και να θαυμάσει τον ιστορικό πλούτο της ευρύτερης περιοχής της Μεσσηνίας.